Также символичен визит Нео к прорицательнице: Нео обращается к ней за ответом, как клиент к серверу, та, в дополнение к ответу, угощает его печеньем (cookie).
«Код матрицы» на мониторах напоминает падающие фигуры в Тетрис, а также один из первых вирусов в среде DOS — «вирус падающих букв», вызывавший «осыпание» символов на экране.
На борту «Навуходоносора» расположена табличка. На ней отображено имя корабля («Nebuchadnezzar» — на английском) и дата и место его постройки: США, около 2069 года. Около этой надписи имеется ещё одна: «Mark III № 11». Если обратиться к соответствующему стиху Евангелия от Марка, то можно прочесть:
И духи нечистые, когда видели Его, падали пред Ним и кричали: Ты Сын Божий.
— Мк.3:11
Название мятежного города Зион образовано от холма Сион, на котором стоит Иерусалим. Для евреев он является символом Земли Обетованной.
Примерно на четвёртой минуте фильма есть сцена, где Тринити, убегая от агента Брауна, перепрыгивает с одной крыши на другую. На той крыше, куда она приземляется, зритель может видеть рекламный щит с надписью «GUNS» («ПИСТОЛЕТЫ»). Что символично: изображение пистолета под этой надписью соответствует модели «Israeli Military Industries’ Desert Eagle» — оружия, которым на протяжении фильма пользуются агенты Матрицы.
Имя Сайфер (Cypher) похоже на слово «Lucifer» (Люцифер — имя сатаны), а также на «cipher» (шифр).
Когда Сайфер обсуждает с агентом Смитом условия, при которых он предаст Морфеуса, он пьёт красное вино и ест рыбу. Это — явные евангельские и раннехристианские аллюзии, поскольку вино сам Христос называл своей кровью, а рыба (ихтика) являлась первым символом христианства; кроме того, Христос также был предан одним из своих последователей.
Когда изменник Сайфер встречается в ресторане с агентом Смитом, становится известно, что его фамилия — Рейган, что он хочет «всё забыть» и быть «важным человеком, актёром, может быть». Президент США Рональд Рейган в прошлом был актёром, а в последние годы страдал болезнью Альцгеймера (то есть «всё забыл»).
Когда в конце фильма Нео, убегая от агентов, забегает в комнату к пожилой женщине, которая вяжет и смотрит телевизор, на экране телевизора мы видим изображение — мужчину в чёрном пальто. Это отрывок из реально шедшего в 1967 году в Америке телешоу «The Prisoner» («Узник»).
Немногим раньше, когда Нео только выбежал со станции метро, он звонит оператору и обращается к нему: «Mr. Wizard, get me out of here!» («Эй, Маг и Кудесник, вытаскивай меня отсюда!» — в одном из переводов). Эта фраза является цитатой из мультфильма Tooter Turtle («Черепашка Трубач»), вышедшего на экраны в 1960 году. По сюжету, у этой черепашки был знакомый Маг («Mr. Wizzard») (ящерица, по созвучию слов wizard и lizard), и каждый раз, когда Трубач попадал в очередной переплёт, где ему приходилось уж совсем туго, он произносил эту заветную фразу, после которой обычно Маг «вытаскивал» его домой.